Aineopintotason kurssi nojaa vankasti Orgaaninen kemia perusopinnot kurssin antamalle pohjalle. Aktiivinen osallistuminen perusopintokurssille tai vastaavalle on siksi edellytyksenä kurssille osallistumiselle. Kurssin tärkein tavoite on reaktiomekanistisen ja -opillisen ymmärtämyksen syventäminen ja laajentaminen. Jokaisen käsitellyn yhdisteryhmän kohdalla edetään yksinkertaisista ja selkeistä tapauksista monimutkaisempiin. Tavoitteena on oppia ymmärtämään rakenteen ja reaktiivisuuden välisiä vuorovaikutussuhteita ja arvioimaan itsenäisesti erilaisten tekijöiden vaikutusta erilaisissa tilanteissa. Hallittavien reaktioiden määrä lisääntyy ja opiskelijan tulisi kyetä yksinkertaisen synteesireitin suunnitteluun teoreettisella tasolla. Opiskelijan tulisi myös oppia lukemaan kirjallisuudessa esitettyjä synteesejä, tunnistamaan niistä teoriassa tuttuja reaktioita ja ymmärtämään mihin reaktioilla pyritään. samalla opiskelija tutustuu myös alan englanninkieliseen terminologiaan.